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低深度肿瘤RNA测序可用于肿瘤预后—小柯机器人—科学网

发布日期:2020-02-13 18:20   来源:未知   阅读:

  •   美国国立卫生研究院Pedro Milanez-Almeida等研究人员利用低深度肿瘤RNA测序(RNA-seq)实现对肿瘤的预后。这一研究成果2020年2月10日在线发表在国际学术期刊《自然医学》上。

      研究人员评估了低深度肿瘤RNA-seq对癌症预后的可能性,这将有可能对大量样品进行低成本检测,从而提供更深的生物学和预测信息。通过对癌症基因组图谱中数千名受试者不良结局的相对风险进行统计学建模,他们提供了证据,即对每个样本有数十万次测序信号的肿瘤RNA-seq数据进行了二次采样为几种类型癌症的结果预测提供足够的信息。对预测模型的分析表明,与结果相关的已知通路具有重要贡献。这些发现表明,可以以低成本大量增加样本数量来开发癌症结局的预测模型,从而有可能开发出更加实用的预测模型,并且其中包含了各种变量及其相互作用。这种策略还可以用于肿瘤多个区域的纵向分析,以及用于治疗方案的定量建模和个性化肿瘤中的结果预测。

      据了解,分子途径的破坏通常与癌症的疾病结果密切相关。尽管可以通过RNA-seq揭示转录途径的生物学信息,但仍不清楚低深度测序数据如何在复杂背景下寻找转录特征来预测临床结果。

      Title: Cancer prognosis with shallow tumor RNA sequencing